実家を売って「3,000万円控除」を使うには｜市役所で取る"被相続人居住用家屋等確認書"と2027年末の期限【滋賀・草津/大津】

公開日: 2026年9月1日｜執筆: 株式会社BATON(相続と実家の相談室【滋賀県】)

「実家を売ったら税金がかかると聞いたけれど、3,000万円まで控除される制度があるらしい」——ご相談の中で、この特例のお名前だけはご存じの方が増えました。ただ、そこから先でつまずく方がとても多いのです。理由は2つあります。ひとつは、確定した期限が令和9年(2027年)12月31日までの譲渡であること。もうひとつは、この控除を受けるために税務署ではなく市役所で取る書類があり、その存在を売却が終わってから知るケースがあることです。この記事では、制度の要件と、見落とされがちな「被相続人居住用家屋等確認書」の実務、そして2026年8月末に出たばかりの"延長の要望"について整理します。

まず、確定している期限は「令和9年12月31日」

正式には「被相続人の居住用財産(空き家)を売ったときの特例」といいます。国税庁の説明では、平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に売って一定の要件に当てはまるとき、譲渡所得の金額から最高3,000万円まで控除できるとされています。

もうひとつ、相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までという時計も同時に動きます。たとえば2024年に相続が発生した実家なら、2027年12月31日が期限です。2つの期限のうち、先に来るほうが実際の締切になります。

主な要件は次のとおりです(いずれも国税庁タックスアンサーNo.3306より)。

• 家屋が昭和56年5月31日以前に建築されたものであること
• 区分所有建物登記がされている建物でないこと(区分所有登記のあるマンションは対象外です。判断は物件の呼び方ではなく登記の内容によります)
• 相続の開始の直前において被相続人が居住しており、被相続人以外に居住していた人がいなかったこと
• 相続の時から譲渡の時まで、事業の用・貸付けの用・居住の用に供されていたことがないこと(相続後に人に貸したり、相続人が住んだりした場合は対象外です)
• 売却代金が1億円以下であること
• 譲渡の時に一定の耐震基準を満たすか、家屋を取り壊していること。令和6年1月1日以後の譲渡については、譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに耐震基準を満たす、または取壊しを行った場合も対象
• 令和6年1月1日以後の譲渡で、家屋と敷地を相続・遺贈で取得した相続人が3人以上の場合、控除額は2,000万円まで

被相続人が老人ホーム等に入所していた場合も、要介護認定等の一定の要件を満たせば「居住の用に供されなくなる直前まで居住していた家屋」として対象になり得ます。

出典: 国税庁 No.3306 被相続人の居住用財産(空き家)を売ったときの特例(令和7年4月1日現在法令等)

見落とされやすいのが「確認書」——これは市役所で取ります

確定申告の際、この特例では売った不動産の所在地を管轄する市区町村長から交付を受けた「被相続人居住用家屋等確認書」を添付することになっています。

つまり、税務署に行く前に市役所での手続きがもう一つ挟まるということです。ここを知らずに年末ぎりぎりで売却を終え、確定申告の直前に慌てて市役所へ駆け込む——という流れが、実務では起こりがちです。

申請書の様式は譲渡の時期と、何を譲渡するかで分かれます。草津市・大津市はいずれも令和6年1月1日以後の譲渡について、次の3種類を案内しています。

• 様式1-1号 — 耐震基準に適合する家屋とその敷地を譲渡した場合
• 様式1-2号 — 家屋を取り壊した後に敷地を譲渡した場合
• 様式1-3号 — 譲渡した後に、耐震改修または取壊しを行った場合

ご自身のケースがどれに当たるかで、求められる添付書類も変わります。

滋賀県内の窓口の実際(2026年9月1日時点)

同じ書類でも、担当課・手数料・所要日数は市によって違います。当相談室の主戦場である2市を、市の公式ページから確認した内容で並べます。

出典: 草津市 空き家の発生を抑制するための特例措置について／大津市 空き家の譲渡所得の3,000万円特別控除について

大津市が「1週間程度」と明記しているとおり、確認書は即日で出るものではありません。加えて、必要書類として被相続人の住民票除票、相続人の住民票、売買契約書、登記事項証明書、電気・水道など公益事業者の使用中止日がわかる書類、相続人が複数の場合は遺産分割協議書などが求められます。「空き家であったこと」を書類で示す必要がある、と考えていただくと分かりやすいと思います。

「4年延長」の要望が出ました——ただし、決まるのは12月です

2026年8月28日、国土交通省が令和9年度税制改正要望を公表し、この特例について次の3点を要望項目に挙げました。

1. 現行の特例措置を4年間(令和10年1月1日〜令和13年12月31日)延長する
2. 対象家屋の築年要件(現行:昭和56年5月31日以前に建築)を緩和する
3. 「相続・遺贈と同視し得る民事信託契約の終了に伴い家屋・敷地等を取得した場合」を対象に追加する

背景として国交省は、制度創設から10年が経過し、新耐震基準を満たすような相続空き家であっても腐朽・破損のあるものが増加していること、空き家の58%が相続によって取得されたものであること(同省「令和6年空き家所有者実態調査」)を挙げています。

出典: 国土交通省 令和9年度国土交通省税制改正要望事項(PDF)／国土交通省 令和9年度税制改正(掲載日: 令和8年8月28日)

逆算すると、いつ動けばいいのか

売却は、話がまとまってから引渡しまでに数か月かかることが珍しくありません。取壊しを選ぶ場合は、解体業者の見積り・工事・滅失登記の時間も乗ります。そこに確認書の交付が加わります。期限から逆算するときは、少なくとも次の工程を数えておくと安全です。

1. 相続登記(名義を相続人に移す) — 引渡し・決済までに相続人名義になっている必要があり、実務上ここが最初の関門になります
2. 家財の片付け・残置物の処分
3. 査定・媒介契約・買主探し・売買契約・引渡し
4. (取り壊す場合)解体工事と建物滅失登記
5. 市役所で被相続人居住用家屋等確認書を取得
6. 譲渡した年の翌年に確定申告

相続登記の期限や過料については相続登記の義務化とは?期限・罰則・手続きを解説、片付けから売却までの段取りは実家の片付け(遺品整理)から売却まで、解体費の補助制度は実家の解体費に使える補助金は?で整理しています。

まとめ

• 3,000万円控除の確定した期限は令和9年(2027年)12月31日までの譲渡。同時に「相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日」の時計も動き、先に来るほうが締切です
• 対象は昭和56年5月31日以前に建築され、区分所有登記がされていない、相続開始の直前に被相続人以外に住んでいた人がいなかった家屋(老人ホーム等に入所していた場合は別途要件あり)。売却代金は1億円以下。相続人が3人以上の場合は2,000万円。さらに、相続の時から売るまで、賃貸にも自分の住まいにも使っていないことが必要です
• 確定申告には市区町村長が交付する「被相続人居住用家屋等確認書」が必要です。草津市は1通350円、大津市は1通300円で交付まで1週間程度とされています
• 2026年8月28日に国交省が4年延長・築年要件の緩和などを「要望」しましたが、決まるのは12月の税制改正大綱です。現時点の期限・要件は変わっていません

制度を使えるかどうかは、家屋の建築時期・相続の状況・売り方によって変わります。具体的な適用の可否や税額の判断は、税務署または税理士へのご確認が必要です。株式会社BATONは滋賀県草津市で、相続した実家の相続登記の段取り・片付け・査定・買取・売却をお受けしています。税務は税理士、登記は司法書士など、それぞれの専門家におつなぎしながら進めます。

「うちの実家は対象になるのか」「期限まで間に合うのか」——その見立てだけでも、お気軽にご相談ください。ご相談は無料です。

よくある質問

※本記事は2026年9月1日時点で公表されている国税庁・国土交通省・草津市・大津市の情報に基づく一般的な解説であり、個別の事案に対する税務・法務上の助言ではありません。制度は改正されることがあり、自治体の手数料・様式・必要書類は変更される場合があります。適用の可否・税額の判断は税務署または税理士、登記手続は司法書士など、それぞれの専門家にご確認いただくか、当相談室へご相談ください。
出典: 国税庁 No.3306 被相続人の居住用財産(空き家)を売ったときの特例／国土交通省 空き家の発生を抑制するための特例措置／国土交通省 令和9年度国土交通省税制改正要望事項／国土交通省 令和9年度税制改正／草津市 空き家の発生を抑制するための特例措置について／大津市 空き家の譲渡所得の3,000万円特別控除について